Una única entrada da acceso a la parte superior de la cuerva, que a partir de aquí, se desarrolla en dirección norte-sur con una longitud de 1.360 metros y un desnivel de 135 metros, finalizando muy cerca de la líne de costa. Su interior es muy laberíntico, con un desarrollo total de sus galerías de 6.315 metros, con varios cruces y superposiones de tubos, fruto de una prolongada erupción, siendo la la tercera de mayor longitud de Canarias después de la Cueva del Viento en Tenerife y la Cueva de Los Verdes en Lanzarote. En ciertos tramos existen hasta ocho galerías paralelas, a menudo entrecruzadas o superpuestas.

Cabe destacar la presencia de estafilitos originados por refusión del techo. La humedad ambiental es alta y la temperatura es de las más elevadas registradas en cuevas canarias, oscilando entre los 21 y 22 grados centígrados. La fauna cavernícola que alberga es variada e interesante, destacando algunas especies troglobias, como la cucaracha Loboptera Ombriosa Meridionalis, la araña Spermophorides Justoi o la chinche cieja Collartida Anophthalma, todas endémicas de El Hierro y las dos últimas conocidas tan solamente en Don Justo.

En 1.963 se fundó un grupo herreño de espeleología y montañismo, cuya escritura fundacional se firmó en el interior de esta cueva.

La Cueva de Don Justo es un tubo volcánico situado en el extremo sur de la isla, entre la Montaña de Hiramas y el pueblo pesquero de La Restinga, cerca de la montaña de Los Muertos, a unos 100 metros de la carretera que une las poblaciones de El Pinar y La Restinga.